Noć muzeja 2016. uspješno je obilježena i u Muzeju sv. Frane. Program je započeo u popodnevnim satima radionicama za djecu koje su vodile Tea Juričev Martinčev učeći djecu vještinama izrade knjiga po sistemu origamija. Drugu radionicu vodila je Sandra Barešin vježbajući s djecom grafiku slova Šibenske molitve. Nekoliko desetaka motivirane djece svoje je radove kasnije izložilo u Muzeju sv. Frane koji je za posjetitelje bio otvoren od 16.00 sati do iza pola noći. Sedamstotinjak posjetitelja prošlo je ove noći kroz muzej i ostale sadržaje koje je samostan sv. Frane ponudio kao dodatak. Osobito je golem interes vladao za posjet samostanskoj knjižnici.