Postoji predaja, koju je zabilježio fra Bernardin Polonijo u knjizi “Kroz Šibenik grad i okolicu”, prema kojoj je šibenski samostan sv. Frane osnovan 1221. godine. Tradicija govori da je ovaj samostan utemeljio bl. Florije, pratitelj sv. Franje na misijskom putovanju na istok (1212-1213), odnosno pri povratku odande (1219-1220). Povijesni dokumenti ipak ne spominju fra Florija, nego navode fra Leonarda iz Asiza kao pratitelja sv. Franje na putu brodom iz Ankone, kad je putovanje završeno na našim obalama, jer je zbog nepovoljna vremena sveti Franjo morao odustati i vratiti doma.

Prvi pouzdani podaci o maloj braći u Šibeniku nalaze se u oporuci nekoga Dujma Domihe od 13. ožujka 1264., koji oporučno ostavlja deset libara “fratribus minoribus de Sybenico” (maloj braći iz Šibenika). Franjevci su se najprije nastanili izvan gradskih zidina na grebenima iznad mora. Taj prvotni samostan u Šibeniku srušen je u veljači 1319. zbog navale bana Mladena Šubića. Kad je prošla opasnost, šibensko plemićko vijeće darovalo je maloj braći 23. ožujka 1320. drugo mjesto za crkvu i samostan, ovaj put unutar gradskih zidina. Na tome se mjestu i danas nalaze samostan i crkva sv. Frane u Šibeniku. Potanje vijesti o samostanu sv. Frane sačuvane su u darovnici od 23. travnja 1320. godine, kojom Budislav, knez krbavski i gradonačelnik šibenski, zajedno s velikim vijećem daruju fra Fabijanu, tadašnjem provincijalu “Provincije Sclavoniae”, zemljište unutar zidina, kao odštetu za porušenu crkvu i samostan izvan zidina. Godinu dana kasnije papa Ivan XXII. u Avignonu 20. prosinca 1321. dopušta šibenskoj maloj braći da prime od građana i vlasti zemljište za izgradnju novog samostana i crkve. Tih godina u gradu je podignut skroman samostan i crkvica sv. Mihaela arhanđela, koja je potkraj 14. stoljeća (1384. ili čak i nešto ranije, 1361. godine) zamijenjena novom crkvom, ovaj put posvećenom sv. Franji Asiškom.

Nakon što su Turci razorili samostan sv. Marije u Bribiru (1523), samostan sv. Frane postao je zakoniti baštinik tog samostana, pa su brojni vrijedni predmeti bribirskog samostana pohranjeni u šibenskom samostanu sv. Frane, koji je već otprije počeo čuvati golemo kulturno, osobito knjiško blago, od kojega je najglasovitija “Šibenska molitva”, teološko-literarni prikaz jedne od najstarijih hrvatskih laudi u čast Blažene Djevice Marije, pisane latinicom. A kad je bribirski samostan srušen, na zahtjev provincijala fra Nikole Divnića, Šibenčanina, odlukom mjerodavnih crkvenih vlasti od 26. kolovoza 1527. desetak je zemljišta, vlasništvo porušenog samostana, prenijeto u posjed samostana franjevaca konventualaca sv. Frane u Šibeniku. A kada su pak odlukom mletačkih vlasti dokinuti neki hospiciji, na kapitulu održanom 1791. u Puli, određeno je da prihodi i tereti dokinutih kuća u Pagu i Trogiru, kao i djelomice one u Kotoru, budu pridruženi postojećem samostanu sv. Frane u Šibeniku, koji je tom prilikom i određen za konventualnu zajednicu s dvanaest redovnika.

Zbog svega toga tijekom svoje više nego sedamstogodišnje prošlosti u šibenskom samostanu sv. Frane skupljeno je veliko kulturno blago izvanredne vrijednosti. Kodeksi i inkunabule opisani su u znanstvenim publikacijama kod nas i prije rata. Vrijednost knjiškog blaga rangirana je svojevremeno na četvrto mjesto u Hrvatskoj, a nesumnjivo zauzima prvenstvo u Hrvatskoj provinciji sv. Jeronima, kojemu samostan i crkva sv. Frane pripadaju od svojih početaka.

Šibenski samostan sv. Frane kroz svoju dugu povijest dao je lijep broj značajne i vrlo poznate braće.

– Sveti Nikola Tavelić, Šibenčanin, umro kao jeruzalemski mučenik 14. studenoga 1391. Kao prvi Hrvat proglašen je svetim 21. lipnja 1970.

– Fra Jeronim iz Šibenika, provincijal i potom generalni prokurator Reda, branitelj prava franjevaca konventualaca na oduzeti samostan sv. Frane u Zadru, te je 18 travnja 1454. uložio pismenu žalbu papi u Rim.

– Fra Jeronim Divnić iz Šibenika, autor kodeksa poznatog po njemu pod nazivom “Divnićev zbornik”, koji sadržava isprave u vezi sa šibenskim samostanom sv. Frane u razdoblju od 1320. do 1566. i dalje.

– Fra Nikola Divnić iz Šibenika, rođeni brat fra Jeronima, provincijal u tri navrata (između 1525. i 1559.).

– Fra Ivan Lukačić iz Šibenika, poznati skladatelj, dugo godina proveo u Splitu kao tamošnji gvardijan i ravnatelj zbora pri splitskoj stolnici. Umro 20. rujna 1648. u Splitu.

– Fra Jeronim Parčić iz Šibenika, regens studija u Ceseni (Bolonjska provincija), 1640. proglašen “ocem Provincije”. O njemu zabilježeno u aktima Provincije: “Theologus doctissimus, vir eruditissimus, religiosus valde senis et exemplarissimus”.

– Fra Franjo Zambelli iz Šibenika, provincijal u dva navrata (između 1766. i 1802.), u međuvremenu penitencijar za hrvatski jezik u Vatikanu.

– Fra Antun Tomaseo iz Šibenika, pionir školstva u Šibeniku. Kad je godine 1798. otvorena javna škola u prostorijama samostana, vlast je postavila fra Antuna za učitelja, a kad je kasnije u Šibeniku otvorena srednja škola, francuske su ga vlasti postavile za profesora. Pisac znanstvenih djela, penitencijar za hrvatske vjernike u Vatikanu, gdje je i umro 1837. Bio je stric poznatog Nikole Tomasea, kome je bio i učitelj u mladosti.

– Fra Jeronim Mileta iz Šibenika, šibenski biskup. Prethodno bio bibliotekar u Padovi, vicerektor međunarodnog kolegija u Rimu, generalni asistent Reda, autor više djela liturgijskog sadržaja. U Šibeniku bio biskupom od 1922. do 1947., kada je tamo i umro.

– Fra Bernardin Polonijo iz Vrbnika, kao mladi svećenik petnaestak godina katehizirao djecu pučkih škola u Šibeniku. Bio je i provincijal, potom ostatak života proveo u Šibeniku, gdje je velikim marom i stručnošću prebirao i zapisivao građu za povijest Provincije. Umro je u Šibeniku 1858. godine.